Kantonalni odbor je izvršni organ Kantonalne konferencije i njegov broj članova utvrđuje se odlukom Kantonalne konferencije, cijeneći broj i vrstu škola, fakulteta i ustanova nauke i kulture koje su članovi Kantonalne konferencije.

Sjednicom Kantonalnog odbora predsjedava i rukovodi predsjednik Kantonalne organizacije, a u njegovoj odsutnosti, potpredsjednik, a u odsutnosti potpredsjednika jedan član Kantonalnog odbora koga odredi predsjednik.

Kantonalni odbor:

• donosi Poslovnik o svom radu;
• koordinira radom sindikalnih organizacija;
• donosi odluku o štrajku;
• utvrđuje prijedlog granskih Kolektivnih ugovora za područje kantona;
• donosi odluku o zaključenju Kolektivnog ugovora;
• vodi pregovore sa poslodavcem o zaključivanju i primjeni kolektivnog ugovora;
• daje mišljenje na nacrt propisa i općih akata koje donosi poslodavac sa nivoa vlasti na kojem je formiran Kantonalni odbor;
• inicira izmjene i dopune propisa koji na bilo koji način uređuju radno–pravne odnose, statusna i druga pitanja članstva;
• podnosi i pokreće inicijative Upravnom odboru o svim pitanjima iz Programskih ciljeva Sindikata;
• podnosi izvještaj o svom radu i fininsijski izvještaj Sindikalnim organizacijama, Kantonalnoj konferenciji i Upravnom odboru, najmanje jednom godišnje;
• može voditi centralno računovodstvo i finansije za sindikalne organizacije na nivou kantona;
• donosi odluku o održavanju redovne, vanredne i izborne Kantonalne konferencije;
• donosi odluku o broju i strukturi delegata za zasjedanje Kantonalne konferencije;
• donosi odluku o Kriterijima za izbor u Kantonalni odbor (broj članova i sastav odbora);
• bira i razrješava članove odbora, komisija i radnih tijela Kantonalnog odbora;
• po potrebi zakazuje sastanak Sindikalne organizacije i Sindikalnog odbora;
• redovno obavještava Upravni odbor Sindikata o zakazivanju sastanaka Kantonalnog odbora;
• redovno dostavlja izvode iz zapisnika sa sastanka Kantonalnog odbora, naročito odluke, zaključke, preporuke, pokrenute inicijative i izvještaje Sindikalnim organizacijama i Upravnom odboru;
• verifikuje izbore u Sindikalnim organizacijama;
• daje prethodnu saglasnost sindikalnoj organizaciji da dostavi stav Sindikata poslodavcu za otkaz ugovora o radu članu Sindikata. Stav Kantonalnog odbora je obavezujući za sindikalni odbor i organizaciju;
• donosi odluku o formiranju odbora, sekcija, komisija i radnih tijela Sindikata;
• vrši izbor i razrješava dopredsjednika/potpredsjednika, predsjednika i članove Odbora Sindikata, sekcija Sindikata i članove komisija i radnih tijela Sindikata;
• donosi odluku o formiranju sindikalne organizacije i daje saglasnost za upis te organizacije u spisak sindikalnih organizacija koji se vodi u Kantonalnom odboru;
• donosi odluku o potrebi obavljanja profesionalnih funkcija u Kantonalnoj organizaciji;
• donosi odluku o organizaciji službe Kantonalne organizacije;
• obavlja i druge poslove u skladu sa Statutom i Pravilima o organizovanju i radu Kantonalne ogranizacije.

Kantonalni odbor donosi odluke većinom glasova svih članova kantonalnog odbora.